一是处理好保持独立性与加强协作配合的关系。执法执纪机关之间职能不同，权限、手段、程序也不同，在履职尽责上应注意尊重各自的独立性，不能以一方替代另一方；同时在构筑惩防体系、遏制贪腐现象上，相互之间应该通力协作、信息互通、资源共享、手段互补，促进法纪交叉案件的顺利突破。二是处理好增强互信与严守机密的关系。加强协作配合，要求彼此高度信任，做到早交流、早沟通、早互动，促进案件的突破；同时要注意严格遵守办案纪律特别是保密纪律，决不允许跑风漏气，决不允许办案机关内部自己出了问题。三是处理好案件及线索移送与反馈的关系。要明确案件和线索移送的时限，保证证据转换更加及时，办案流程更加顺畅，案情掌握更加全面，案件查结更加快速；同时案件查办是一个动态的渐进过程，随着调查的不断深入，一些新的情况、新的线索要及时向移送的机关反馈，便于保证案件定性更加客观准确。四是处理好严肃查办案件与加强综合分析的关系。目前腐败现象在一些领域仍呈易发多发态势，必须继续保持查办案件工作力度，严肃查办违纪违法问题；同时要注重加强对腐败案件发生、发展过程的研究分析，从中积累查办案件的基本经验，从中探究腐败现象滋生的规律，查找体制、机制、制度上的漏洞，提出建设性的意见和建议，使源头防治腐败的措施更有针对性。五是处理好惩处与保护的关系。在严惩腐败分子、捍卫法纪尊严的同时，要把处理违规行为同规范权力运行结合起来，把查处极少数同教育、保护大多数结合起来，调动和保护党员干部干事创业的积极性，促进改革开放的逐步深入，促进行政行为的逐步规范，促进经济社会又好又快发展。